A legszélesebb körben elfogadott hipotézis az eleveniszapos pelyhképződés mechanizmusával kapcsolatban az extracelluláris polimerek és fonalas baktériumok áthidaló hatása. Ezért az eleveniszapos rendszerek iszap-vízleválasztási problémája a következő szempontokból is magyarázható:
1. Elszórt növekedés
A szétszórt növekedés, más néven anti-pelyhesedés vagy iszap szétesés, általában az extracelluláris polimerek hiányának vagy e polimerek áthidaló hatásának interferenciájának köszönhető, ami megakadályozza az eleveniszapos mikroorganizmusok egymáshoz tapadását. A szétszórt növekedéshez vezető tényezők a következők: a nem-flokkuláló baktériumok túlzott szaporodása; a kétértékű kationok (pl. kalcium- és magnéziumionok) alacsony aránya az egyértékű kationokhoz (kálium- és nátriumionokhoz); a biosurfaktánsok pelyhesedésgátló -hatása; iszapmérgezés a toxinok bejutása miatt; az F/M arány meredek növekedése lökésterhelés vagy iszapveszteség miatt; valamint az anaerob iszap nagy kiterjedésű-savasodása és szétesése a levegőztető tartályban.
Az ilyen pelyhek mérete nagyon eltérő; a nagyobb pelyhek gyorsan, míg a kisebb pelyhek lassan süllyednek, zavaros felülúszóval nem folytonos réteget képezve.
2. Tű -formájú iszappelyhek
Ha az eleveniszapos pelyhek csak baktériumokhoz hasonló pelyheket{0}} tartalmaznak, és nem fonalas baktériumokat, akkor azok jellemzően nagyon kicsik (akár 75 µm), lazák és törékenyek. Ezeket a pelyheket tű-formájú iszappelyheknek nevezik.
Ha a bioflokkuláció nem hatékony, ezek a pelyhek a levegőztető tartályban lévő turbulens áramlás következtében könnyen darabokra nyíródnak, különösen mechanikus levegőztetés vagy nagy buborékos diffúzorok használatakor. Ezenkívül a különféle szivattyúk, gravitációs gátak és kanyargós csövek turbulenciát okozhatnak, tovább nyírva ezeket a pelyheket apró darabokra. Ha az iszapterhelés (F/M) túl alacsony, az iszap öregedése tű alakú iszappelyhekhez is vezethet.
Ezeknek a pelyheknek a mérete jelentősen eltér; a nagyobb pelyhek gyorsan, míg a kisebb pelyhek lassan ülepednek, zavaros felülúszóval nem folytonos réteget képezve.
3. Elszórtan lebegő pelyhek
A másodlagos ülepítő tartály felületén néha laza pelyhek láthatók, de a szennyvíz tiszta marad. Az ülepítési vizsgálatok azt mutatták, hogy az iszap ülepedési sebessége lassú. Ezt a jelenséget laza pelyhes szuszpenziónak nevezik. Ennek fő oka a túl nagy iszapterhelés (F/M), az eleveniszapos mikroorganizmusok logaritmikus növekedési fázisban vannak, ami az eleveniszap magas energiaszintjét, erős mikrobiális aktivitást, laza iszappelyhes textúrát, gyenge pelyhképződést, ülepedési nehézséget eredményez. Ha az iszapterhelést megfelelően csökkentjük, a laza pelyhek eltűnhetnek.