Külön típus
A membránmodult és a bioreaktort külön kell felszerelni.
A bioreaktorban lévő kevert folyadékot keringtető szivattyú nyomás alá helyezi, majd a membránmodul szűrővégéhez pumpálja. Nyomás alatt a kevert lúgban lévő folyadék áthatol a membránon, így kezelt víz lesz; a szilárd anyagokat és a nagy molekulákat a membrán visszatartja, és a koncentrátummal együtt visszajuttatja a bioreaktorba.
Integrált típus
A membránmodult a bioreaktor belsejében helyezzük el. A betáplált víz a membrán-bioreaktorba kerül, ahol a legtöbb szennyezőanyagot a kevert lúgban lévő eleveniszap eltávolítja, majd a vizet a membrán külső nyomással kiszűri.
Az ilyen típusú membrán{0}}bioreaktorok energiafogyasztása viszonylag alacsony, mivel kiküszöböli a kevert folyadék keringető rendszerét, és szivattyúval{1}}támogatott szűrésre támaszkodik; kompaktabb alapterületű, mint a különálló típus, és az elmúlt években jelentős figyelmet kapott a vízkezelés területén. Általában azonban viszonylag alacsony membránfluxussal rendelkezik, hajlamos a membrán elszennyeződésére, és szennyeződés után nehéz tisztítani és cserélni.
Kompozit típus
Formájában szintén az integrált membrán bioreaktorok kategóriájába tartozik. A különbség az, hogy a töltőanyagot a bioreaktor belsejébe adják, hogy kompozit membrán bioreaktort képezzenek, ami megváltoztatja a reaktor bizonyos tulajdonságait.